Được thành lập từ ngày 01/01/2005, sau khi Thủ tướng Chính phủ ra Nghị định số 174/NĐ-TTg ngày 01/10/2004 về thành lập huyện đảo Cồn Cỏ, do quy mô dân số và tổ chức bộ máy, lãnh đạo Cục đã bố trí đồng chí Trần Chí Năm chuyên viên phòng Thống kê Cam Lộ làm công tác thống kê huyện đảo, sinh hoạt ghép trong phòng kinh tế huyện đảo.

Cán bộ Công chức Chi cục Thống kê huyện Đảo Cồn Cỏ

Ngày 29/10/2007 điều động Nguyễn Thanh Hưng làm công tác Thống kê huyện đảo thay Trần Chí Năm, ngày 15/12/2009 điều động Trần Tự  làm công tác Thống kê huyện đảo thay Nguyễn Thanh Hưng; ngày 5/1/2012 điều động Trần Văn Trung kế toán phòng Hành chính kiêm nhiệm làm công tác Thống kê huyện đảo thay Trần Tự. Tháng 5/2014 Quyết định số: 69/QĐ-CTK luân chuyễn Đồng chí Nguyễn Xuân Hoàng  trưởng phòng TCHC cục về làm chi cục trưởng chi cục huyện đảo Cồn Cỏ. Huyện đảo Cồn Cỏ là huyện nhỏ nên cán bộ chi cục sinh hoạt ghép với văn phòng Cục, chưa xây dựng trụ sở riêng.